เรื่องเดิม
ด้วยได้เกิดปัญหาน้ำเน่าเสียในแม่น้ำท่าจีนช่วงตั้งแต่ปลายเดือนเมษายน พ.ศ.2543 และต้นเดือนพฤษภาคม ทำให้ปลาในแม่น้ำตายเป็นจำนวนมาก ตลอดลำน้ำท่าจีนช่วงที่ไหลผ่าน อ.สองพี่น้อง จ.สุพรรณบุรี จ.นครปฐม และจ.สมุทรสาคร เป็นระยะทางประมาณ 150 กิโลเมตร นั้น กองจัดการคุณภาพน้ำ กรมควบคุมมลพิษ ได้ดำเนินการติดตามตรวจสอบ รวบรวมข้อมูลและหาแนวทาง แก้ไขปัญหา สรุปได้ดังนี้
ผลกระทบที่เกิดขึ้น
 การสูญเสียระบบนิเวศน์ของแม่น้ำ
 ปลาตาย
 การสูญเสียทางเศรษฐกิจ
- ปลาในกระชัง
- การเพาะปลูก
- กล้วยไม้
- ประปา มีการใช้ถ่านกำมันต์ (Activated Carbon) เพิ่ม
- แหล่งท่องเที่ยว เช่น วังมัจฉา ภัตตาคารริมน้ำ ฯลฯ
- การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง
 สุขภาพอนามัยของผู้ใช้น้ำ
- เกิดอาการคัน
- กลิ่นเหม็นรบกวน
 ปรากฏการณ์น้ำทะเลเปลี่ยนสี (Red Tide)

การดำเนินงานของกองจัดการคุณภาพน้ำ กรมควบคุมมลพิษ
3 พ.ค. 43 ออกสำรวจสภาพปัญหาตลอดลำน้ำ พบว่า น้ำยังเน่าเสีย และมีแหล่งกำเนิดส่วนใหญ่มาจากน้ำเน่าในนาข้าว บริเวณ อ.สองพี่น้อง จ.สุพรรณบุรี
4 พ.ค. 43 ร่วมกับจ.สมุทรสาคร ประชุมและสำรวจสภาพพื้นที่แม่น้ำท่าจีน เพื่อหาสาเหตุและแนวทางแก้ไขปัญหา อย่างไรก็ตามจากการสัมภาษณ์ประชาชน และผู้สื่อข่าวกว่าร้อยละ 90 เชื่อว่าสาเหตุที่ทำให้น้ำเสียน่าจะมาจากโรงงานอุตสาหกรรม ออกซิเจนละลายในแม่น้ำท่าจีนในช่วงที่ไหลผ่านวัดนางสาว จ.สมุทรสาคร มีค่าเป็นศูนย์ ในขณะที่โดยทั่วไปคุณภาพน้ำบริเวณนี้จะต่ำกว่ามาตรฐานอยู่แล้ว คือ ออกซิเจนละลายประมาณ 1 มิลลิกรัมต่อลิตร ในขณะที่มาตรฐานกำหนดให้มีค่าออกซิเจนละลายไม่ต่ำกว่า 2 มิลลิกรัมต่อลิตร นอกจากนี้ยังพบปลาตายเกลื่อนลำน้ำ น้ำมีกลิ่นเหม็น ก่อให้เกิดผลกระทบต่อประชาชนที่อาศัยอยู่ริมน้ำ
5 พ.ค. 43 สำรวจแม่น้ำโดยเน้นไปที่แหล่งกำเนิดมลพิษ พบว่า น้ำในนาข้าวบริเวณทุ่งสองพี่น้อง อ.สองพี่น้อง อ.เมือง อ.บางปลาม้า และ อ.อู่ทอง จ.สุพรรณบุรี มีความเน่าเสียสูง เนื่องจากฝนตกหนักในช่วงวันที่ 16 เม.ย. 43 (ประมาณ 150 มิลลิเมตร จากปกติไม่เกิน 3 มิลลิเมตร) ประกอบกับอยู่ในระยะข้าวออกรวงเต็ม เป็นข้าวพันธุ์ฟางลอย (รวงหนักให้ผลผลิตต่อไร่สูง เช่น พันธุ์สุพรรณ 35 เมื่อแก่รวงข้าวจะหักลงกับพื้น และข้าวเบา พันธุ์โพธิ์ทอง ทรายเงิน ที่รากเน่าเสียได้ง่ายเมื่อถูกน้ำท่วม) และการระบายน้ำออกไม่ทันจึงเกิดความเน่าเสียสูง ออกซิเจนละลายเป็นศูนย์และบีโอดีมีค่าประมาณ 15-20 มิลลิกรัมต่อลิตร หลายแหล่งข่าวเสนอข่าวว่า กรมควบคุมมลพิษ ให้ข้อมูลไม่ถูกต้องที่ว่าปัญหาน้ำเน่าเสียครั้งนี้มาจากนาข้าว เพราะเชื่อว่าความรุนแรงของเหตุการณ์ขนาดนี้ต้องมาจากโรงงานอุตสาหกรรม คล้าย ๆ กับความคิดของเจ้าหน้าที่ของกรมฯหลายคนว่า "ถ้าไม่เห็นด้วยตาก็จะไม่เชื่อ"
6 พ.ค. 43 ร่วมประชุมกับ 3 จังหวัดที่ได้รับผลกระทบจากปัญหาความเน่าเสียของแม่น้ำท่าจีน ที่จ.นครปฐม (สมุทรสาคร นครปฐม และสุพรรณบุรี) โดยได้รับทราบข้อมูลการประชุมดังกล่าว จากทางจังหวัดสมุทรสาคร ที่ได้เข้าร่วมประชุมกันในวันที่ 4 พ.ค. 43 ในที่ประชุมได้ให้ข้อมูลที่ถูกต้องกับทางจังหวัด ตลอดจนพิจารณาเสนอแนะการแก้ไขปัญหาเฉพาะหน้า และมาตรการระยะยาว หลังจากนั้นก็ออกสำรวจพื้นที่บริเวณอำเภอสองพี่น้องร่วมกับท่านรองอธิบดีกรมควบคุมมลพิษ (นิศากร) เพื่อติดตามตรวจสอบสภาพปัญหา และสัมภาษณ์เกษตรกรผู้ได้รับความเสียหาย พบว่า ยังมีการสูบน้ำเสียออกมาอย่างต่อเนื่อง ทั้งนี้ เนื่องจากถ้าเปิดประตูระบายน้ำอย่างเดียว การระบายน้ำเสียไม่ทันการณ์ อาจจะเอ่อมาท่วมพื้นที่นาที่ยังไม่ได้เก็บเกี่ยวในฝั่งด้านล่างของทุ่งสองพี่น้องจนเกิดความเสียหายได้
7 พ.ค. 43 สำรวจตลอดลำน้ำท่าจีน พบว่า คุณภาพน้ำในแม่น้ำท่าจีน บริเวณวัดบางสาม อ.สองพี่น้อง จ.สุพรรณบุรี เริ่มดีขึ้นเล็กน้อย โดยตรวจวัดค่าออกซิเจนละลายได้ 0.2 มิลลิกรัมต่อลิตร จากเดิมที่มีค่าเป็นศูนย์ เนื่องมาจากการเพิ่มปริมาณการระบายน้ำจากประตูโพธิ์พระยาด้านเหนือ (กิโลเมตรที่ 202 จากปากแม่น้ำ อ.เมือง จ.สุพรรณบุรี หรือเหนือจุดระบายน้ำเสียประมาณ 50 กม.) จากเดิม 12-25 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที เป็น 50 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที อย่างไรก็ตามแม่น้ำท่าจีนตอนล่างก็ยังมีปัญหา ยกเว้นจุดปากแม่น้ำที่ได้รับอิทธิพลของน้ำทะเล
 8-9 พ.ค. 43 คณะสำรวจ พบว่า แม่น้ำท่าจีน ตลอดระยะทาง 150 กิโลเมตรจากปากแม่น้ำ จ.สมุทรสาคร ถึงปากคลองสองพี่น้อง จ.สุพรรณบุรี ที่เกิดความเน่าเสียเริ่มดีขึ้นบ้าง โดยกลิ่นเหม็นลดลง สีของน้ำเปลี่ยนจากดำคล้ำเป็นสีจาง ๆ โดยออกซิเจนละลายมีค่า 0.1-0.6 มิลลิกรัมต่อลิตร ทั้งนี้เนื่องจากการเพิ่มปริมาณน้ำที่ระบายจากประตูระบายน้ำโพธิ์พระยา เป็น 115 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที ประกอบกับการระบายน้ำดีผ่านทางคลองนาสาร อ.บางปลาม้า จ.สุพรรณบุรี มาเจือจางความสกปรกในปริมาณ 30 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที
 ประชุมร่วมกับ 3 จังหวัด ครั้งที่สอง เพื่อหาทางแก้ไขปัญหา ที่ประชุมเห็นควรว่าควรมีการตั้งศูนย์อำนวยการโดยเฉพาะกิจประสานงานการแก้ไขปัญหาแม่น้ำท่าจีนเน่าเสีย ที่จ.นครปฐม โดยมีผู้ว่าราชการทั้งสามจังหวัด รองอธิบดีกรมควบคุมมลพิษ (รองนิศากร) ผู้อำนวยการสำนักชลประทานที่ 7 (ชัยนาท) และชลประทานที่ 10 (กาญจนบุรี) เป็นที่ปรึกษา
 นำคณะวุฒิสมาชิก (อ.ไกรศักดิ์ ชุณหะวัน สว.นครราชสีมา, ดร.สมเกียรติ อ่อนวิมล สว. สุพรรณบุรี และคุณมาลีรัตน์ แก้วก่า สว. สกลนคร) ออกสำรวจพื้นที่บริเวณทุ่งสองพี่น้อง และเห็นว่าควรจะให้ประชาชนในพื้นที่มีส่วนร่วมในการติดตามตรวจสอบและแจ้งข่าวกับส่วนราชการที่เกี่ยวข้องเพื่อให้การแก้ไขปัญหาได้อย่างรวดเร็วยิ่งขึ้น อย่างไรก็ตาม การป้องกันและแก้ไขปัญหาระยะยาวยังมีความจำเป็นต้องดำเนินการในลักษณะลุ่มน้ำ
10 พ.ค. 43 มวลของน้ำเสียที่มีความสกปรกสูง ได้เคลื่อนตัวไปสู่ อ.กระทุ่มแบน จ.สมุทรสาคร และบางส่วนได้ออกสู่ ทะเลไปบ้างแล้ว พบว่าบริเวณ อ.สามพราน และ อ.นครชัยศรี จ.นครปฐม คุณภาพน้ำดีขึ้นโดยมีออกซิเจนละลายเท่ากับ 1.6 และ 0.8 มิลลิกรัมต่อลิตร ตามลำดับ
11 พ.ค. 43  ร่วมสังเกตการณ์และเสวนา "การแก้ไขปัญหาแม่น้ำท่าจีนแบบยั่งยืน" ที่พุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม พบว่า ประชาชนส่วนมากยังไม่มีความชัดเจน เกี่ยวกับแหล่งกำเนิดน้ำเสีย จึงได้มอบภาพถ่ายและรายงานสรุปความก้าวหน้าให้ประธานชมรมเรารักแม่น้ำท่าจีน เพื่อประชาสัมพันธ์ให้ประชาชนได้เข้าใจ ผลการเสวนาเห็นควรมีแผนระยะยาว และให้กรมชลประทานปรับปรุงระบบระบายน้ำ ในพื้นที่โครงการชลประทานโพธิ์พระยาให้มีประสิทธิภาพดียิ่งขึ้น
 การตรวจสอบคุณภาพน้ำในแม่น้ำท่าจีนในตอนกลาง จาก อ.นครชัยศรีลงไปถึง อ.สามพราน จ.นครปฐม พบว่าคุณภาพน้ำอยู่ในเกณฑ์ดีขึ้นเล็กน้อย ออกซิเจนละลายมีค่าระหว่าง 0.6-1.0 มิลลิกรัมต่อลิตร แต่ในบริเวณทุ่งสองพี่น้อง ยังมีการสูบน้ำเสียจากนาข้าวลงแม่น้ำท่าจีนอยู่ และในแม่น้ำท่าจีนบริเวณด้านใต้ของจุดสูบทั้งหลาย (หน้าวัดบางสาม อ.สองพี่น้อง) ตรวจพบค่าออกซิเจนละลายเพียง 0.1 มิลลิกรัมต่อลิตร น้ำมีสีดำ และส่งกลิ่นเหม็นบ้าง ปริมาณการระบายน้ำจากประตูโพธิ์พระยา ประมาณ 87 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที
12 พ.ค. 43 การตรวจสอบแหล่งกำเนิดมลพิษและคุณภาพน้ำในแม่น้ำท่าจีนในตอนกลาง จากอ.นครชัยศรีลงไปถึง อ.สามพราน จ.นครปฐม พบว่าคุณภาพน้ำดีขึ้นเล็กน้อย โดยตรวจวัดออกซิเจนละลายมีค่า ระหว่าง 0.5-1.0 มิลลิกรัมต่อลิตร แต่ในบริเวณทุ่งสองพี่น้อง ยังมีการสูบน้ำเสีย และในแม่น้ำท่าจีนบริเวณนั้น (วัดบางสาม) ตรวจพบค่าออกซิเจนละลาย เพียง 0.1 มิลลิกรัมต่อลิตร น้ำมีสีคล้ำ ถึงแม้จะได้มีการหยุดสูบน้ำบางสถานีไปแล้ว ทั้งนี้การน้ำการระบายน้ำจากประตูโพธิ์พระยา ประมาณ 77 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที สถานการณ์โดยทั่วไปคาดว่าคุณภาพน้ำในแม่น้ำท่าจีนจะดีขึ้นตามลำดับ
 รวบรวมข้อมูลความเสียหายทั้งจากน้ำท่วมพื้นที่นาและผลกระทบของปัญหามลพิษในแม่น้ำท่าจีน จากหน่วยงานต่าง ๆ ได้แก่ ข้อมูลพื้นที่น้ำท่วมนา และความเสียหายที่เกิดขึ้นในพื้นที่ทุ่งสองพี่น้อง จ.สุพรรณบุรี รวมถึงข้อมูลค่าใช้จ่ายอื่น ๆ ที่ทั้งสามจังหวัดได้ใช้จ่ายไปเพื่อการแก้ไขปัญหา หรือผลกระทบที่เกิดขึ้นระหว่างภาวะวิกฤติของแม่น้ำท่าจีน
 ความเสียหายหรือค่าใช้จ่ายที่เพิ่มขึ้นในระบบการผลิตน้ำประปา จากการประปานครหลวง (สถานีสูบน้ำบางเลน) และประปาภูมิภาค (สถานีสูบน้ำในแม่น้ำท่าจีนและคลองสาน)
 ผลกระทบ และความเสียหายของภาคอุตสาหกรรม (จากอุตสาหกรรมจังหวัดทั้งสาม)
 ผลกระทบ และความเสียหายของภาคประมง ได้แก่ ประมงในแม่น้ำ การเลี้ยงปลาในกระชัง การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง และระบบนิเวศน์ของแหล่งน้ำ จากประมงจังหวัดทั้งสาม
 ผลกระทบต่อภาคเกษตรด้านอื่นๆ ได้แก่ การปลูกพืชผัก การทำสวนกล้วยไม้ เป็นต้น จากเกษตรจังหวัดทั้งสาม
 การระบาดวิทยาหรือผลกระทบต่อสุขภาพอนามัยของประชาชนผู้ใช้น้ำจากสาธารณสุขจังหวัดทั้งสาม
 ข้อมูลการสูญเสียโอกาสอื่น ๆ ที่เกิดขึ้นจากปัญหามลพิษดังกล่าว 13 พ.ค. 43
 เนื่องจากได้รับคำถามจากผู้สูบน้ำว่า "ผมอยู่สถานีสูบน้ำมากว่า 20 ปีแล้ว ยังไม่เคยเจอปัญหาอย่างนี้เลย คุณน่าจะไปดูว่ามีน้ำเสียมาจากที่อื่นอีกหรือไม่" คณะสำรวจต้องเปลี่ยนแผนการโดยงดสำรวจคุณภาพน้ำสักวัน เนื่องจากคุณภาพน้ำในแม่น้ำท่าจีนเริ่มดีขึ้นบ้าง
 จากการสำรวจพื้นที่ตอนบนในพื้นที่ อ.อู่ทอง อ.สวนแตง อ.ดอนเจดีย์ และ อ.บางปลาม้า จ.สุพรรณบุรี พบว่า ไม่มีแหล่งกำเนิดมลพิษอื่นใด นอกจากน้ำท่วมน้ำข้าว ส่วนการทำไร่อ้อย ก็อยู่ในบริเวณพื้นที่ดอน จึงไม่พบปัญหาน้ำท่วมขัง ส่วนการเกษตรอื่น ๆ ได้แก่ มันเทศ คะน้า มะระ ก็ได้รับความเสียหายบ้าง
14 พ.ค. 2543  ทุกประตูระบายน้ำหยุดสูบน้ำเสียระบายน้ำเสีย คงมีเพียงการเปิดประตูระบายน้ำตามปกติเท่านั้น (เริ่มวันที่ 12 พ.ค. 2542) เนื่องจากสามารถรักษาระดับน้ำ ท้ายประตูระบายน้ำให้อยู่ในระดับปกติได้แล้ว (1.0 เมตร) จากเดิมที่มีอยู่ในระดับ 1.7-1.8 เมตร (5-9 พ.ค. 2543)
 คุณภาพน้ำในแม่น้ำท่าจีนเริ่มดีขึ้น โดยจากช่วงที่ไหลผ่าน จ.นครปฐม (ประมาณ 80 กิโลเมตร) มีค่าออกซิเจนละลาย 0.4-0.7 มิลลิกรัมต่อลิตร ช่วงที่ไหลผ่าน อ.กระทุ่มแบน จ.สมุทรสาคร ค่าออกซิเจนละลาย 0.7 มิลลิกรัมต่อลิตร และช่วงปากแม่น้ำจะมีค่าออกซิเจนละลายเพิ่มขึ้นเนื่องจากอิทธิพลของน้ำทะเล ส่วนช่วงที่ไหลผ่าน อ.สองพี่น้อง(วัดบางสาม) จ.สุพรรณบุรี ค่าออกซิเจนยังต่ำอยู่ มีค่าเพียง 0.2 มิลลิกรัมต่อลิตร แต่ดีขึ้นกว่าหลายวันที่ผ่านมา
 ลักษณะทางกายภาพของน้ำในแม่น้ำท่าจีนเริ่มดีขึ้นมาก กลิ่นลดลง สีเริ่มเข้าสู่สภาวะปกติ ปลาในวังมัจฉาหลายแห่งได้เริ่มกลับมาอาศัยอยู่ตามเดิม และกินอาหารได้ตามปกติ
15 พ.ค. 2543 คุณภาพน้ำในแม่น้ำท่าจีนดีขึ้นตามลำดับทั้งทางกายภาพ และทางเคมี โดยตรวจวัดค่าออกซิเจนละลาย มีค่าระหว่าง 0.5-1.0 มิลลิกรัมต่อลิตร น้ำที่เสียในพื้นที่ท้ายประตูระบายน้ำ แต่ละแห่งก็เริ่มเจือจางบ้าง เนื่องจากฝนตก และการรักษาปริมาณการระบายน้ำจากประตูระบายน้ำโพธิ์พระยา อ.เมือง จ.สุพรรณบุรี (ประมาณ 91 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที) และผ่านทางคลองท่าสาร-บางปลา อ.บางเลน จ.นครปฐม (ประมาณ 30 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที) รวมทั้งปริมาณน้ำเสียที่ทุ่งสองพี่น้องได้ลดปริมาณลง
16-17 พ.ค. 2543 ปรึกษาหารือกับเกษตรจังหวัดสุพรรณบุรี เพื่อขอความอนุเคราะห์ ข้อมูล ความเสียหายที่เกิดขึ้นจาก ปัญหาน้ำท่วมนาข้าวรวมทั้งผลกระทบกับเกษตรกรอื่น ๆ ได้รับทราบข้อมูลว่าพื้นที่ทุ่งสองพี่น้องซึ่งครอบคลุมพื้นที่ 4 อำเภอ ใน จ.สุพรรณบุรี ได้แก่ อ.เมือง อ.อู่ทอง อ.บางปลาม้า และอ.สองพี่น้อง ซึ่งมีการทำนาในพื้นที่ประมาณ 619,200 ไร่ และพื้นที่ถูกน้ำท่วมได้รับความเสียหาย ไม่สามารถเก็บเกี่ยวผลผลิตได้ประมาณ 132,000 ไร่ หรือประมาณร้อยละ 21 ของพื้นที่ทำนาทั้งหมด นอกจากนี้ยังมีพืชอื่นที่ได้รับความเสียหายได้แก่ มันเทศ 574 ไร่ คะน้า 289 ไร่ มะระ 236 ไร่ และเผือก 168 ไร่ การทำนาปรังในพื้นที่ทุ่งสองพี่น้องได้เริ่มมาประมาณ 2-3 ปีมาแล้ว แต่ปัญหาความเสียหายไม่รุนแรงเหมือนปี 2543 นี้ เนื่องจากปริมาณฝนตกในปีที่ผ่านมา (2542) มีปริมาณมากที่สุดเพียง 37 มิลลิเมตร ในขณะที่ปี 2543 มีปริมาณมากถึง 150 มิลลิเมตร ที่สถานีอุตุนิยมวิทยา อ.เมือง จ.สุพรรณบุรี
18 พ.ค. 2543 พบว่าคุณภาพน้ำในแม่น้ำได้เข้าสู่ภาวะใกล้เคียงปกติแล้ว โดยด้านเหนือที่อำเภอสองพี่น้อง (กิโลเมตรที่ 150 จากปากแม่น้ำ) ขึ้นไปถึงประตูระบายน้ำพลเทพ (กิโลเมตรที่ 325 จากปากแม่น้ำ ที่อำเภอวัดสิงห์ จังหวัดชัยนาท) มีค่าออกซิเจนละลาย 3.8-5.6 มิลลิกรัมต่อลิตร ส่วนด้านใต้อำเภอสองพี่น้อง จังหวัดสุพรรณบุรี จังหวัดนครปฐม จังหวัดสมุทรสาคร ตรวจพบค่าออกซิเจนละลาย 0.5-1.4 มิลลิกรัมต่อลิตร โดยค่าต่ำสุดตรวจพบในบริเวณอำเภอกระทุ่มแบน จังหวัดสมุทรสาคร เนื่องจากบริเวณนี้มีการระบายของเสียจากแหล่งกำเนิดมลพิษประเภทต่าง ๆ ในปริมาณมาก
19 พ.ค. 2543  กรมควบคุมมลพิษ ได้ยุติการติดตามตรวจสอบคุณภาพน้ำในแม่น้ำท่าจีน เนื่องจากคุณภาพน้ำเริ่มดีขึ้นจนกลับเข้าสู่สภาวะปกติ และไม่มีการสูบน้ำจากพื้นที่เกษตรกรรมเพิ่มเติม
 กรมควบคุมมลพิษ กระทรวงวิทยาศาสตร์ฯ อยู่ระหว่างดำเนินการจัดทำมาตรการในการป้องกัน และแก้ไขปัญหามลพิษทางน้ำในพื้นที่ลุ่มแม่น้ำท่าจีนในระยะยาว และจะได้นำเสนอคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติเพื่อพิจารณาต่อไป