จากบทความในหนังสือพิมพ์หลายฉบับในช่วงเดือนพฤศจิกายน 2543 ที่ผ่านมา ได้กล่าวถึง กลุ่มพิทักษ์สิ่งแวดล้อม กรีนพีช ต้องการให้ธนาคารพัฒนาเอเซีย หยุดให้การสนับสนุนเงินทุนที่ใช้ในการก่อสร้างระบบบำบัดน้ำเสียรวมจังหวัดสมุทรปราการ โดยให้เหตุผลว่าโรงบำบัดน้ำเสียสมุทรปราการ จะล้มเหลวเช่นเดียวกับโรงบำบัดน้ำเสียที่วาปี แคว้นกุจราช ประเทศอินเดีย ซึ่งโรงบำบัดดังกล่าวเคยได้รับการสนับสนุนด้านการเงินจากธนาคารโลกและธนาคารโลกได้ระงับความช่วยเหลือแล้ว โดยกลุ่มกรีนพีช ไม่ได้นำเสนอข้อมูลรายละเอียดระบบบำบัดวาปีที่ล้มเหลวนั้นแต่อย่างใด
ทางโครงการจัดการน้ำเสียเขตควบคุมมลพิษจังหวัดสมุทรปราการ ได้ทำการศึกษา รวบรวมข้อมูลระบบบำบัดน้ำเสียวาปี เพื่อเปรียบเทียบกับของจังหวัดสมุทรปราการ โดยสามารถสรุปประเด็นสำคัญได้ดังนี้
1. ลักษณะน้ำเสียที่เข้าสู่ระบบ
ระบบบำบัดน้ำเสียวาปี เป็นระบบบำบัดที่สร้างขึ้นมาเพื่อบำบัดน้ำเสียจากโรงงานอุตสาหกรรมประมาณ 2,000 แห่ง ในนิคมอุตสาหกรรม โดยไม่มีการรับน้ำเสียจากชุมชนที่อยู่ในพื้นที่ใกล้เคียงมาร่วมบำบัดแต่อย่างใด น้ำเสียที่เข้าสู่ระบบบำบัดจึงเป็นน้ำเสียเคมีที่มีการปนเปื้อนสารเคมีและสารพิษสูง
ส่วนโรงบำบัดน้ำเสียสมุทรปราการ จะรับน้ำเสียจากโรงงานอุตสาหกรรมประมาณ 3,000 แห่ง รวมกับน้ำเสียจากชุมชน โดยเป็นน้ำเสียจากโรงงานอุตสาหกรรมครึ่งหนึ่งและที่เหลืออีกครึ่งหนึ่งเป็นน้ำเสียจากบ้านพักอาศัยและสถานประกอบการพาณิชย์
2. มาตรการการควบคุมการปล่อยน้ำเสีย
น้ำเสียจากโรงงานในนิคมอุตสาหกรรมที่เข้าสู่ระบบบำบัดวาปีนั้น ไม่ได้รับการบำบัดอย่างมีประสิทธิภาพ รวมทั้งระบบบำบัดที่มีอยู่ในแต่ละโรงงานก็เป็นระบบบำบัดที่ล้าสมัยและมีการลักลอบปล่อยน้ำเสียโดยไม่ได้ทำการบำบัดลงสู่แหล่งน้ำอย่างผิดกฎหมาย ก่อให้เกิดการปนเปื้อนในแหล่งน้ำ น้ำเสียจากโรงงานต่างๆ ในนิคมอุตสาหกรรม ถูกนำมาสู่ระบบบำบัดวาปีโดยใช้รถบรรทุกขนส่ง โดยปราศจากแผนและขั้นตอนการขนส่งที่แน่นอนทำให้ในบางช่วงเวลา น้ำเสียที่เข้าสู่ระบบอาจมีสารพิษและสารเคมีที่มีความเข้มข้นสูงกว่าสภาพปกติโดยทั่วไป ทำให้ระบบบำบัดชีวภาพที่มีบ่อเติมอากาศที่ใช้อยู่นั้น ไม่สามารถบำบัดน้ำเสียได้อย่างมีประสิทธิภาพ
สำหรับโรงบำบัดน้ำเสียสมุทรปราการ ทางจังหวัดสมุทรปราการจะออกข้อกำหนดการบำบัดเบื้องต้น เพื่อให้โรงงานทำการบำบัดน้ำเสียในระดับหนึ่งที่โรงงานก่อนปล่อยระบายน้ำเสียเข้าสู่ท่อรวบรวมน้ำเสียของโครงการ โรงงานอาจลดขนาดระบบบำบัดที่มีอยู่เดิมเพื่อลดค่าใช้จ่ายในการบำบัดแล้วนำน้ำเสียเข้าสู่ระบบบำบัดรวม ซึ่งมีค่าใช้จ่ายในการบำบัดที่ถูกกว่าหรือบางโรงงานอาจยกเลิกระบบบำบัดน้ำเสียที่มีอยู่เดิมแล้วต่อท่อนำน้ำเสียเข้าสู่ท่อรวบรวมของโครงการโดยตรงก็ได้ หรือหากโรงงานมีระบบบำบัดพร้อมสมบูรณ์และมีประสิทธภาพสูงอยู่แล้วก็ไม่จำเป็นต้องต่อท่อนำน้ำเสียเข้าสู่โครงการก็ได้เช่นกัน อนึ่ง ทางกรมควบคุมมลพิษกำลังดำเนินโครงการส่งเสริมการใช้เทคโนโลยีสะอาดเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพอุตสาหกรรมในจังหวัดสมุทรปราการ โดยเป็นโครงการที่มีระยะเวลานาน 4 ปี และมีจุดมุ่งหมายเพื่อลดการใช้น้ำและพลังงานในโรงงานอุตสาหกรรม อันจะมีผลทำให้ลดปริมาณน้ำเสียและความสกปรก รวมทั้งสารเคมีปนเปื้อนที่จะระบายเข้าสู่ระบบบำบัดรวมหรือที่จะระบายลงสู่แหล่งน้ำด้วย
3. กระบวนการบำบัดน้ำเสีย
โรงบำบัดน้ำเสียวาปี เป็นระบบบำบัดแบบชีวภาพชนิด Aerated Lagoon ในขณะที่น้ำเสียที่เข้าสู่ระบบบำบัดเป็นน้ำเสียประเภทเคมีที่มีความเข้มข้นสูงเพราะขาดการบำบัดเบื้องต้นในแต่ละโรงงาน จึงเป็นการยากที่ระบบบำบัดน้ำเสียวาปีจะสามารถบำบัดน้ำเสียได้อย่างมีประสิทธิภาพ
ส่วนโรงบำบัดน้ำเสียสมุทรปราการ นอกจากจะมีการบำบัดขั้นต้นในโรงงานอุตสาหกรรมแล้ว น้ำเสียจะผสมกับน้ำเสียจากบ้านเรือนแล้วไหลรวมกันเข้าสู่บ่อบำบัดขั้นต้นในบริเวณโรงบำบัด กากตะกอนที่ปะปนมากับน้ำเสียซึ่งมักจะปนเปื้อนสารพิษและสารเคมีต่างๆ จะตกตะกอนในบ่อบำบัดขั้นต้นดังกล่าว แล้วไหลเข้าสู่บ่อเติมอากาศซึ่งเป็นการบำบัดแบบชีวภาพหลังจากนั้นตะกอนชีวภาพจะถูกแยกออกจากน้ำที่บำบัดแล้วในถังตกตะกอนน้ำใสที่บำบัดแล้วจะระบายลงสู่ทะเลทางท่อระบายน้ำทิ้งใต้ทะเลห่างจากฝั่งประมาณ 3 กิโลเมตร น้ำที่บำบัดแล้วดังกล่าวจะผสมผสานกับน้ำทะเลในอัตราส่วนไม่น้อยกว่า 10 เท่า จึงเชื่อได้ว่าจะไม่ก่อให้เกิดผลกระทบต่อคุณภาพน้ำและสภาพนิเวศในบริเวณชายฝั่งทะเลจังหวัดสมุทรปราการ
ระบบบำบัดที่นำมาใช้ในโรงบำบัดสมุทรปราการ เป็นระบบบำบัดแบบชีวภาพชนิด Extended Aeration Activated Sludge ซึ่งเป็นระบบบำบัดที่มีประสิทธิภาพสูงทนต่อการแปรปรวนของปริมาณและลักษณะของน้ำเสียได้เป็นอย่างดีและเป็นระบบที่นิยมใช้กันอยู่ทั่วไปในต่างประเทศ
4. การจัดการกากตะกอน
โรงบำบัดน้ำเสียวาปีไม่มีกระบวนการการกำจัดกากตะกอนอย่างถูกวิธี การกำจัดกากตะกอนที่ดำเนินการอยู่ใช้วิธีการเทกองกลางแจ้งโดยทั่วไป อันเป็นอันตรายต่อสภาพแวดล้อมเป็นอย่างยิ่ง
สำหรับโรงบำบัดสมุทรปราการ ทางโครงการได้จัดให้มีบ่อเก็บกักกากตะกอนขั้นต้น ที่เก็บกักกากตะกอนได้นานไม่น้อยกว่า 5 ปี และมีบ่อเก็บกักกากตะกอนชีวภาพได้นานไม่น้อยกว่า 5 ปี เช่นกัน เมื่อโรงบำบัดเริ่มเดินระบบซึ่งยังคงอยู่ในความรับผิดชอบของบริษัทรับเหมาก่อสร้างก็จะมีการนำกากตะกอนที่เกิดขึ้นจริงมาทดลองเพื่อให้ได้วิธีกำจัดกากตะกอนที่มีประสิทธิภาพสูงสุดและเหมาะสมในเชิงเศรษฐศาสตร์ โดยในขณะนี้ได้มีการเตรียมลานตากตะกอนชีวภาพเพื่อศึกษาประสิทธิภาพการกำจัดกากตะกอนด้วยวิธีการตากบนลาน กากตะกอนจากบ่อบำบัดขั้นต้นและกากตะกอนชีวภาพจะต้องได้รับการวิเคราะห์ว่ามีการปนเปื้อนในสัดส่วนที่เกินค่ากำหนดสากลสำหรับการนำกากตะกอนไปใช้ประโยชน์หรือไม่ก่อน หากพบว่ามีการปนเปื้อนกากตะกอนดังกล่าวจะถูกนำไปกำจัดที่ศูนย์กำจัดกากตะกอนอุตสาหกรรมของบริษัท เจนโก้ ต่อไป ส่วนกากตะกอนที่ไม่ปนเปื้อนก็จะสามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้ ดังเช่นในต่างประเทศได้มีการนำกากตะกอนจากระบบบำบัดน้ำเสียไปใช้เป็นวัสดุกลบทับขยะมูลฝอยในระบบฝังกลบอย่างถูกสุขลักษณะ (Sanitary Landfill) หรือนำไปใช้เป็นสารบำรุงดินได้เป็นอย่างดี