การมอบอำนาจการบริหาร คพ.
ศูนย์ราชการใสสะอาด

ตามกฎกระทรวง แบ่งส่วนราชการกรมควบคุมมลพิษ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2545 แบ่งส่วนราชการเป็น

สำนักงานเลขานุการกรม
สำนักจัดการกากของเสียและสารอันตราย
สำนักจัดการคุณภาพน้ำ
สำนักจัดการคุณภาพอากาศและเสียง
กองแผนงานและประเมินผล
กองนิติการ
ฝ่ายตรวจและบังคับการ
ฝ่ายคุณภาพสิ่งแวดล้อมและห้องปฏิบัติการ
กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
หน่วยงานตรวจสอบภายใน
โครงสร้างกรมควบคุมมลพิษ รูปขยาย
กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร ตรวจสอบภายใน ฝ่ายคุณภาพสิ่งแวดล้อมและห้องปฏิบัติการ ฝ่ายตรวจและบังคับการ สำนักจัดการคุณภาพน้ำ กองนิติการ สำนักงานเลขานุการกรม กองแผนงานและประเมินผล สำนักจัดการคุณภาพอากาศและเสียง สำนักจัดการกากของเสียและสารอันตราย