ตามกฎกระทรวง แบ่งส่วนราชการกรมควบคุมมลพิษ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2545 แบ่งส่วนราชการเป็น


โครงสร้างหน่วยงานภายในทั้งหมด

กรมควบคุมมลพิษ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

กองจัดการกากของเสียและสารอันตราย กองจัดการคุณภาพอากาศและเสียง กองยุทธศาสตร์และแผนงาน สำนักงานเลขานุการกรม กองนิติการ กองจัดการคุณภาพน้ำ กองตรวจมลพิษ ศูนย์ปฏิบัติการวิเคราะห์มลพิษและสิ่งแวดล้อม ตรวจสอบภายใน กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร